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Man spricht von homologen Genen oder Proteinen, wenn sie von einem einzelnen Gen stammen, das im letzten gemeinsamen Vorfahren der betreffenden Arten vorhanden war. Oft (aber nicht immer) haben orthologe Proteine in verschiedenen Arten die gleiche Funktion und die entsprechenden Gene werden als «die gleichen Gene in verschiedenen Arten» betrachtet. Nicht zu verwechseln mit «Paralog».